## Fichier d'exemple: evaluation contre un jeu de sequences "fausses"

FASTA file              fasta
Output file             contre
Alphabet file           alphabet
Quorum                  50
Total min length        8
Total max length        8
Total substitutions     1
Boxes                   2

## On veut que les modeles ne contiennent pas plus de 5 A
Composition in A        5


BOX 1
Min length              4
Max length              4
Substitutions           1
Min spacer length       4
Max spacer length       8
## ...dont au plus 2 dans le premier bloc
Composition in A        2

BOX 2
Min length              4
Max length              4
Substitutions           1

## Dans cet exemple, on utilise la methode d'evaluation 2 contre le fichier
## fasta 'fastawrong'.
Against wrong sequences fastawrong

## Le fichier de stats genere est du meme type que pour le shuffling, excepte
## que les stats en sequence et totales sont sur la meme ligne.
## Un symbole '+' ou  '-' indique pour chaque stat si le modele est sur ou
## sous represente.
## Seul le test du Khi2 est utilise, le Z-score n'ayant aucun sens ici
## (un seul jeu de donnees "fausses").
